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安徽省农业科学院绿色食品工程研究所是全国省级农科院中唯一的专门从事绿色食品研究的科研所,2004年经国家科技部进行科研综合实力评估，进入百强研究所。在职人员31人，其中高中级科研、归国人员18人。主要从事绿色农产品的新品种选育、生产环境源头控制、贮藏保鲜技术研究、加工工艺研究等。内设农业环境、食品加工、贮藏保鲜研究室，良种基地科（杂交水稻研究室）、温室管理科、办公室和科技开发载体合肥三德绿色农业科技开发有限责任公司。
建所以来，已主持、完成了多项省重点科研攻关课题，其中，全国先进工作者、所长朱启升研究员为安徽省杂交水稻攻关项目的首席专家，主持完成的两个课题均获安徽省科学技术进步一等奖；"梨、苹果产地无污染贮运保鲜技术研究示范及其产业化"获省科学技术三等奖。目前，该所承担科技部农业科技成果转化基金项目三项、安徽省十·五重大科技专项两项及其他重点科研课题多项。是安徽省杂交水稻攻关项目的主持单位。
本所拥有自主知识产权的技术产品有：
国家发明专利技术：
可混播制种技术，水面自扩散型农药系列-水稻田除草剂、杀虫剂、杀菌剂，果蔬产地无污染保鲜技术-臭氧负离子窖藏保鲜技术等5项。
专有技术：
酸豆奶加工技术、
银杏豆（牛）奶加工技术
山野菜有机栽培和深加工技术
无公害植物源杀菌剂-"绿液"
农作物品种权保护品种：
水稻：绿稻24、K优绿36、绿籼优一号、绿三A不育系。
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